毕业生就业协议书主要是明确三方（毕业生、用人单位、培养单位）的基本情况和责任：毕业生承诺愿意在毕业后到用人单位就业报到；用人单位及其人事上级主管承诺按规定接收毕业生并明确是否能办理毕业生的落户手续；中国科学院大学和培养单位承诺办理好学生的离校及学生到用人单位报到工作时所需的材料如报到证、档案转递、户口迁移等手续。此外还规定了各方的违约责任。 由于当初在制定毕业生就业协议书的格式时，我国的人事劳动制度还没有进行到目前的改革阶段，因此协议中并没有对工作地点、报酬福利、签约年限等内容加以约定。但“毕业生就业协议书”最后一页有“备注”栏，毕业生可以把与用人单位双方约定好的内容加以注明，以便更好地保障自身的权益，在万一发生纠纷时也好协商解决。 有三点值得注意：一是注明的内容应是双方事先约定好的，如果事先没有约定好可能会影响协议的达成；二是有些内容是属于劳动合同来约定的，许多用人单位对此有统一的规定，可能无法满足个人的特殊要求；三是如果用人单位和个人已经有了另外较为详细的两方协议约定，可以不必在毕业生就业协议书上重复注明。有些用人单位还有可能对某些条款（如薪金等）提出保密而要求不在毕业生就业协议书上注明。